Aplikasi Khusus adalah aplikasi SPBE yang dibangun, dikembangkan, digunakan, dan dikelola oleh Instansi Pusat atau Pemerintah Daerah tertentu untuk memenuhi kebutuhan khusus yang bukan kebutuhan Instansi Pusat dan Pemerintah Daerah lain.
Jumlah aplikasi khusus yang dibangun dan/atau dikembangkan sesuai dengan ketentuan atau regulasi tentang standar teknis dan prosedur pembangunan dan pengembangan aplikasi SPBE adalah banyaknya aplikasi khusus milik pemerintah daerah yang pada periode pelaporan telah dibangun dan/atau dikembangkan serta memenuhi standar teknis dan prosedur pembangunan dan pengembangan Aplikasi SPBE sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.